Pjevačica sa suprugom Mariom Souleyjem Treadwayjem, za kojega se udala u svibnju 2010. godine, ima sina Evena Imrea, rođenog u prosincu 2010. i kćer Onyx Solace, rođenu u lipnju 2016. godine.
Osim kao velika pobornica dojenja, Alanis je svojedobno otvoreno progovorila o teškoj postporođajnoj depresiji kroz koju je prolazila nakon rođenja oba djeteta.
Alanis i Mario vjenčali su se 2010. godine u njihovu domu u Los Angelesu. Prije Marija bila je u ozbiljnoj vezi s Ryanom Reynoldsom.
Godine 2016. za biography.com kazala je kako je majčinstvo izmijenilo njezin život na puno načina koje nije očekivala.